青海内陆河由柴达木、青海湖、哈拉湖、茶卡－沙珠玉、祁连山地和可可西里六大内陆水系组成。省内内陆水系众多，但流程较短，总流域面积占全省的51.8％，总流域面积374094平方公里，集水面积在500平方公里以上的河流有87条，年径流量44.4亿立方米。

柴达木内陆水系的主要河流有：那仁郭勒河、大灶火河、格尔木河、托拉海河、大格勒河、诺木洪河、香日德河、察汗乌苏河、夏日哈河、沙柳河、都兰寺河、赛什可河、巴音河、鱼卡河、巴勒更河、塔塔梭河、大哈尔腾河等。

青海湖内陆水系的主要河流有：布哈河、蔡济河、伊克乌兰河、哈尔盖河、倒淌河、黑马河等。

茶卡－沙珠玉内陆水系的主要河流有：沙珠玉河、茶卡河、大水河、瓦洪河、小察苏河。

祁连山内陆水系的主要河流有：疏勒河、黑河、洪水河、西大河等。

哈拉湖内陆水系的主要河流有：奥果吐乌兰郭勒河、哈拉古尔合河、聪果协热格河等。

那仁郭勒河

   是柴达木盆地最大的河流，发源于昆仑山的太阳湖，河源海拔4881米，附近广布冰川，属冰川融雪补给为主的河流，年平均径流量10.3亿立方米，径流多年变化较小。

格尔木河

   是柴达木盆地第二大河流，发源于昆仑山北麓的支脉阿克里坦齐钦山，黑海西北，河源海拔4450米，注入达布逊湖，为季节性内陆河，全长468公里，流域面积18648平方公里。年平均径流量7.47亿立方米，冰川补给占21.4％，地下水补给占65.％，洪水期流量455立方米/秒，最小流量7.33立方米/秒，多年平均流量23.71立方米/秒，1956─1979年年平均径流量7.47亿立方米，水能蕴藏量19.24万千瓦。属地下水补给型河流，径流多年变化很小。

那棱格勒河

    发源于昆仑山脉布喀达坂峰的北坡，向西北注入台吉乃尔湖，为季节性内陆河，全长404公里，流域面积20790平方公里，洪水期流量414立方米/秒，枯水期4.03立方米/秒，多年平均流量32.70立方米/秒，1956─1979年年平均径流量10.35亿立方米，水能蕴藏量27.417万千瓦。

乌图美仁河

    发源于乌图美仁附近的沼泽与泉水，由西向东延伸，不断有泉水供给，全长154公里，流域面积6218平方公里，多年平均流量2.67立方米/秒，年均径流量0.84亿立方米。

香日德河

    是柴达木盆地第三大河流，位于柴达木盆地东南边缘，源于阿尼玛卿山北麓的托素湖南，源头海拔4600米。该河是以降水补给为主的河流，年径流量3.94亿立方米，径流多年变化较大。

巴音河

    位于柴达木盆地东北部，发源于野牛脊山的巴拉哈牙麻托峰北麓，河源海拔4740米。河流先由东向西流，然后往西南折返，经泽令沟、德令哈、戈壁等地，注入可鲁克湖及托素湖，全长约300公里，流域面积7462平方公里。该河以雨雪补给为主，平均天然径流量3.15亿立方米，而在下游戈壁观测，由于河水大量引灌和河床渗漏，年平均径流量仅为1.84亿立方米。

布哈河

    位于青海湖西北部，发源于疏勒南山的曼滩日更峰北麓，河源海拔4600米，全长264公里，流域面积14337平方公里，是青海湖盆地最大的河流。平均年径流量11.84亿立方米，占青海湖盆地总入湖水量的62.2％。

黑河

    祁连山内陆主要水系之一，是仅次于塔里木河的全国第二大内陆河。发源于祁连山南麓的祁连县八一冰川海拔5564米的素珠莲峰，在县境内与第一大支流八宝河汇合，出莺落峡口成为青海和甘肃两省界河。流经青海、甘肃、内蒙古三省区，流域面积约13万平方公里。流域内辖青省祁连山县、甘肃省山丹、民和内蒙古自治区额经纳旗其十个县旗。黑河水系包括大小河流36条，大多源近流短，水量很小，出山后消失在冲击扇地带。黑河干流发源地至居延海全长约800公里，跨越祁连山东段高寒阴湿亚区、祁连山西段高寒半干旱亚区、走廊中段温带干旱亚区三种不同的自然地理环境。祁连山出山口莺落峡以上265公时灰上游区，高寒阴冷，年降水量400毫米，有近代冰川发育，河床陡峻，水流湍急，是河川径流产流区，莺落峡至正义峡间185公里河西走廊是流域中游，地势平缓、光热资源充足，降十较少，蒸发强烈，是依赖灌溉的农业经济区和重要的商品粮基地，也是流域中最主要的河川径流利用区。黑河进入下游阿拉善平原，北流300多公里，直达中蒙边境，东西居延海为其尾闾。